Los misterios que encierra el cuadro de «La última cena» de Leonardo da Vinci

Se dice que Leonardo dejó reflejado un gran secreto en el cuadro que de ser descubierto y sacado a la luz destruiría los cimientos de la Iglesia tal como la conocemos:
El nudo en el mantel de la mesa:
En el lado derecho de la mesa hay un nudo que para algunos es un símbolo que significaría que hay una mujer presente en la mesa (sería María Magdalena al lado de Jesús), y sin embargo, para otros significaría la firma de Leonardo Da Vinci en el cuadro.

El nudo en el mantel de la mesa
En esa época, los autores no firmaban sus obras, así que el nudo podría ser la representación del autor y la palabra “nudo” significaba en italiano “vincolo”, que es una palabra parecida a “Vinci” que es el pueblo donde nació Leonardo y ahí estaría la conexión.
Leonardo pudo retratarse en el cuadro:
Según se cuenta, Leonardo pudo hacer un autoretrato y simbólicamente da la espalda a Jesús. Leonardo era un gran admirador de la ciencia y se cuenta que en este retrato dejaba claro su rechazo a las doctrinas de la Iglesia Católica.

Leonardo en el Cenacolo y autoretrato de Leonardo
Sin aros de santidad:
Ninguno de los apóstoles aparece con aro de santidad, cosa extraña ya que hasta entonces siempre se representaba con el aro. Leonardo decidió retirarselo a todos, incluso a Jesús.
Platón aparece en la pintura:
La pasión que sentía Leonardo por la ciencia la dejó claro, según algunas teorías, representando al apóstol Simón como uno de los bustos más reconocibles del mundo, el de Platón. De esta manera, hubiera podido dejar claro el artista que anteponía la ciencia a la religión.

Platón en el Cenacolo y el busto de Platón
La figura de María Magdalena:
Mucho se ha hablado de la figura del que se supone es el apóstol Juan ya que algunas teorías contemplan que en verdad no era el apóstol Juan sino María Magdalena.

María Magdalena junto a Jesús
Estas teorías dirían que la la figura de María Magdalena fue mucho mayor del que la Iglesia le ha querido dar y que habría sido la compañera sentimental de Jesús. Además, entre la figura de ella y de él, se crearía una V, que presenta a la mujer, una señal más de que había una mujer en la mesa
El bebé de María Magdalena y Jesús:
Este descubrimiento ha aparecido muy recientemente, de hecho hasta 2011 nadie lo había notado. Sin embargo, justo al lado de la figura de Judas, en lo que debería ser su cuello, algunos creen que Leonardo pintó un bebé.

El bebé
De ser cierto, y al juntar la figura de Jesús, la figura de María Magdalena y el bebé, tendríamos a la Santa Trinidad: la madre, el hijo y el espíritu santo, es decir, Leonardo habría representado el Santo Grial.
El cuchillo, el único arma:
El apóstol Pedro es el único personaje en la obra que porta un arma, en concreto, tiene en su mano un cuchillo. Sobre este misterio hay teorías que cuentan que Pedro, con su cuchillo y su otra mano apuntando al apóstol Juan o María Magdalena, significa la guerra entre las dos Iglesias: la Iglesia clásica (representada en Pedro) y la nueva iglesia (representada en Juan o María Magdalena), la que llaman iglesia de la mujer.

El cuchillo que sostiene Pedro
Sin cáliz:
Precisamente en este momento en el que Jesús celebra la última cena, arranca la ceremonia de la Eucaristía y es muy significativo que el cáliz no aparezca en ningún momento en la obra.
Según algunas teorías, no aparece porque el cáliz es María Magdalena que portaba la sangre de Cristo, y eso podría referirse al útero y al hijo que se dice tuvieron Jesús y María Magdalena, que tras la muerte de Jesús, viajó para esconderse en Francia, junto con la niña cuyo nombre se cuenta era Sara.
Judas entre los apóstoles:

Judas entre los apóstoles
Hasta ese momento, el traidor Judas siempre había estado representado fuera del grupo de los apóstoles, incluso al otro lado de la mesa en algunas ocasiones. Leonardo fue el primero en representar a Judas en la misma categoría que el resto.
Fuente: https://desdemilan.wordpress.com/2013/09/17/la-ultima-cena-de-da-vinci-origen-de-misterios-y-esoterismo-ii/